MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Rhodobacter sphaeroides 2.4.1 plasmid E

Total Repeats: 172

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_009008	CGGG	2	8	15	22	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
2	NC_009008	GCC	2	6	61	66	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
3	NC_009008	T	6	6	93	98	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_009008	CGGGA	2	10	569	578	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
5	NC_009008	GCG	2	6	623	628	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
6	NC_009008	GCC	3	9	643	651	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
7	NC_009008	GCG	2	6	695	700	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
8	NC_009008	C	6	6	706	711	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
9	NC_009008	G	8	8	717	724	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
10	NC_009008	GCC	2	6	741	746	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
11	NC_009008	CGG	2	6	757	762	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
12	NC_009008	GCCGC	2	10	764	773	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
13	NC_009008	GGC	2	6	786	791	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
14	NC_009008	G	6	6	1751	1756	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
15	NC_009008	CGG	2	6	1757	1762	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
16	NC_009008	CCT	2	6	1780	1785	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
17	NC_009008	CCT	2	6	1795	1800	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
18	NC_009008	CG	3	6	1839	1844	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
19	NC_009008	CG	3	6	1879	1884	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
20	NC_009008	GTCC	2	8	1930	1937	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
21	NC_009008	CTC	2	6	1972	1977	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
22	NC_009008	GCC	2	6	1980	1985	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
23	NC_009008	CCG	2	6	1989	1994	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
24	NC_009008	CACCAG	2	12	2002	2013	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
25	NC_009008	CCG	2	6	2023	2028	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
26	NC_009008	GC	3	6	2029	2034	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
27	NC_009008	CGG	2	6	2045	2050	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
28	NC_009008	GAGG	2	8	3556	3563	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
29	NC_009008	GGC	2	6	4429	4434	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
30	NC_009008	CGG	2	6	4446	4451	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
31	NC_009008	GCC	2	6	4452	4457	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
32	NC_009008	CCG	2	6	4524	4529	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
33	NC_009008	GCC	2	6	5021	5026	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
34	NC_009008	GAA	2	6	6010	6015	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
35	NC_009008	GCC	2	6	6112	6117	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
36	NC_009008	TGA	2	6	6134	6139	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
37	NC_009008	GTC	2	6	6167	6172	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
38	NC_009008	GCC	2	6	6175	6180	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
39	NC_009008	CAT	2	6	6253	6258	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
40	NC_009008	CTT	2	6	7254	7259	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
41	NC_009008	GAA	2	6	7320	7325	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
42	NC_009008	CG	3	6	8175	8180	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
43	NC_009008	GGA	2	6	8181	8186	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
44	NC_009008	CCA	2	6	8303	8308	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
45	NC_009008	ATC	2	6	10379	10384	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
46	NC_009008	CG	3	6	10427	10432	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
47	NC_009008	GCGGA	2	10	10436	10445	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
48	NC_009008	TGTGC	2	10	11253	11262	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
49	NC_009008	CGAC	2	8	11298	11305	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
50	NC_009008	TCG	2	6	11342	11347	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
51	NC_009008	GCC	2	6	11631	11636	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
52	NC_009008	CCG	2	6	11660	11665	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
53	NC_009008	GTCCC	2	10	11666	11675	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
54	NC_009008	CGG	3	9	11823	11831	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
55	NC_009008	ATC	2	6	11839	11844	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
56	NC_009008	GAC	2	6	11922	11927	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
57	NC_009008	GCG	2	6	11956	11961	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
58	NC_009008	CGA	2	6	11963	11968	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
59	NC_009008	GAA	2	6	12074	12079	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
60	NC_009008	GGAA	2	8	12165	12172	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
61	NC_009008	TTC	2	6	12291	12296	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
62	NC_009008	TCCG	2	8	12308	12315	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
63	NC_009008	GCA	2	6	12345	12350	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
64	NC_009008	GCT	2	6	12353	12358	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
65	NC_009008	CGA	2	6	12400	12405	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
66	NC_009008	AG	3	6	12410	12415	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
67	NC_009008	AC	3	6	12484	12489	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
68	NC_009008	GCC	2	6	12572	12577	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
69	NC_009008	GAC	2	6	12684	12689	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
70	NC_009008	GCG	2	6	12767	12772	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
71	NC_009008	AGG	2	6	12927	12932	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
72	NC_009008	CGG	2	6	12976	12981	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
73	NC_009008	TGC	3	9	12996	13004	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
74	NC_009008	ATG	2	6	13043	13048	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
75	NC_009008	AGG	2	6	13074	13079	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
76	NC_009008	GCC	2	6	13112	13117	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
77	NC_009008	GACG	2	8	13158	13165	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
78	NC_009008	C	7	7	13168	13174	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
79	NC_009008	GAC	2	6	16858	16863	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
80	NC_009008	CGG	2	6	16869	16874	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
81	NC_009008	GCC	2	6	16875	16880	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
82	NC_009008	TCCG	2	8	16881	16888	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
83	NC_009008	TCA	2	6	19334	19339	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
84	NC_009008	CGGGG	2	10	19351	19360	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
85	NC_009008	GCC	2	6	20971	20976	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
86	NC_009008	GGTC	2	8	20993	21000	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
87	NC_009008	TGG	2	6	21023	21028	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
88	NC_009008	GCG	2	6	21091	21096	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
89	NC_009008	CCTG	2	8	21182	21189	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
90	NC_009008	GTG	2	6	22241	22246	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
91	NC_009008	GGT	3	9	22288	22296	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
92	NC_009008	TCGTC	2	10	22319	22328	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
93	NC_009008	CCGG	2	8	22863	22870	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
94	NC_009008	GAC	2	6	22895	22900	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
95	NC_009008	GAC	2	6	24303	24308	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
96	NC_009008	CG	3	6	24739	24744	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
97	NC_009008	GCCC	2	8	24809	24816	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
98	NC_009008	GGT	2	6	24823	24828	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
99	NC_009008	AGA	2	6	25018	25023	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
100	NC_009008	TCCG	2	8	25024	25031	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
101	NC_009008	CCGC	2	8	25054	25061	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
102	NC_009008	CGC	2	6	25169	25174	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
103	NC_009008	ACT	2	6	25207	25212	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
104	NC_009008	GCC	2	6	25301	25306	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
105	NC_009008	GGA	2	6	25317	25322	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
106	NC_009008	CAA	2	6	25339	25344	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
107	NC_009008	GGC	2	6	25498	25503	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
108	NC_009008	TCG	2	6	25530	25535	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
109	NC_009008	GAA	2	6	25634	25639	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
110	NC_009008	GCT	2	6	25665	25670	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
111	NC_009008	GTGGC	2	10	25821	25830	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
112	NC_009008	CCT	2	6	25875	25880	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
113	NC_009008	CT	4	8	25911	25918	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
114	NC_009008	GAG	2	6	25969	25974	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
115	NC_009008	GC	3	6	31203	31208	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
116	NC_009008	CAA	2	6	31806	31811	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
117	NC_009008	GCG	2	6	31825	31830	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
118	NC_009008	CGGA	2	8	31875	31882	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
119	NC_009008	CG	4	8	31979	31986	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
120	NC_009008	TCG	2	6	32061	32066	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
121	NC_009008	GCCGA	2	10	32079	32088	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
122	NC_009008	CCG	2	6	32185	32190	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
123	NC_009008	TAC	2	6	32348	32353	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
124	NC_009008	TTC	2	6	32383	32388	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
125	NC_009008	TCAT	2	8	32483	32490	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
126	NC_009008	GGTT	2	8	32616	32623	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
127	NC_009008	GCC	2	6	32672	32677	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
128	NC_009008	TGA	2	6	32707	32712	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
129	NC_009008	TTCAAT	2	12	32744	32755	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
130	NC_009008	ATT	2	6	32855	32860	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_009008	CGTT	2	8	32869	32876	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
132	NC_009008	ACG	2	6	32937	32942	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
133	NC_009008	CGCCTC	2	12	32984	32995	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
134	NC_009008	GCCA	2	8	33000	33007	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
135	NC_009008	GAG	2	6	33011	33016	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
136	NC_009008	CAGC	2	8	33061	33068	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
137	NC_009008	GCC	2	6	33077	33082	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
138	NC_009008	CGG	2	6	33091	33096	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
139	NC_009008	CA	4	8	33978	33985	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
140	NC_009008	CA	3	6	33994	33999	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
141	NC_009008	CGGC	2	8	34004	34011	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
142	NC_009008	GCGG	2	8	34134	34141	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
143	NC_009008	TCC	2	6	34171	34176	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
144	NC_009008	CCGCGC	2	12	34193	34204	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
145	NC_009008	AATT	2	8	34220	34227	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
146	NC_009008	CGG	2	6	34245	34250	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
147	NC_009008	AGT	2	6	34293	34298	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
148	NC_009008	AT	3	6	34345	34350	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
149	NC_009008	A	6	6	34536	34541	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
150	NC_009008	CCA	2	6	34581	34586	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
151	NC_009008	TTTGT	2	10	34620	34629	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
152	NC_009008	TCAT	2	8	34650	34657	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
153	NC_009008	GT	3	6	34688	34693	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
154	NC_009008	TGT	2	6	34713	34718	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
155	NC_009008	CCG	2	6	35378	35383	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
156	NC_009008	GTCG	2	8	35391	35398	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
157	NC_009008	GCC	2	6	35403	35408	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
158	NC_009008	GCC	3	9	35434	35442	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
159	NC_009008	TTA	2	6	35497	35502	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
160	NC_009008	ATTATC	2	12	35507	35518	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
161	NC_009008	GGA	2	6	35598	35603	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
162	NC_009008	CGG	2	6	35605	35610	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
163	NC_009008	TGT	2	6	36669	36674	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
164	NC_009008	CAA	2	6	36676	36681	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
165	NC_009008	CCGG	2	8	36701	36708	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
166	NC_009008	GCCAC	2	10	36743	36752	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
167	NC_009008	TCTTG	2	10	36781	36790	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
168	NC_009008	CGC	2	6	36812	36817	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
169	NC_009008	CGC	2	6	36864	36869	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
170	NC_009008	CGT	2	6	36928	36933	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
171	NC_009008	GCCGG	2	10	37050	37059	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
172	NC_009008	GC	3	6	37088	37093	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.